お返事ありがとうございます。
早速確認してみたところ、以下のことが分かりました。
●≪８００×６００ ７２DPIイラスト用≫キャンバスでも、状況は同じ
●全体が塗りつぶされた後、CTRL+Zでやり直しても毎回全体が塗りつぶされる（1回全体が塗りつぶされてからやり直すのでは、試した限りでは１００％同じ結果）
●塗りつぶし時はショートカットを使用。また、サブツールは≪他のレイヤーを参照≫を使用していることを確認。念のため≪他のレイヤーを参照≫の初期設定ツールを読み込んでも結果は変わらず。また、ツールパレットから塗りつぶしアイコンをクリックして≪他のレイヤーを参照≫サブツールを選択して塗りつぶしてみても同じ結果でした
なお、同時に以下のことも分かりました
○同じレイヤー内を塗りつぶす場合は確認した限り１００％正確に塗りつぶし可能。しかし、別レイヤーの場合は高確率で全体が塗りつぶされる（たとえば、1枚目のレイヤーにGペンで丸を描き、2枚目のレイヤーで丸の内側を塗りつぶそうとすると、高確率で全体が塗りつぶされる。なお、ツール設定は他のレイヤーを参照であることを確認。複数参照にもチェックがあります。また、塗りつぶし用のレイヤーが丸を描いたレイヤーの上でも下でも同様）
○2枚のレイヤーに分けた場合では、塗りつぶし用のレイヤーに一度Gペンで描画してから塗りつぶしツールを使うと、狙い通り（おそらく１０％）正確に他レイヤーを参照して塗りつぶせることが分かりました。
例えば、一枚目のレイヤーにレンガブロックを描き、その上か下に塗りつぶし用のレイヤーを作成。直接塗りつぶしツールでブロック内を塗りつぶそうとすると全体が塗りつぶされる。しかし、一度ブロック内にGペンで点を打つように描画し、その後塗りつぶしツールを使用すると正常に塗りつぶしが可能になる。しかし、一度手のひらツールでキャンバスを移動させると、再度Gペンで点を打たない限り全体が塗りつぶされる、という具合です。
現在は暫定的に「一度Gペンで点を打つ」方法でやっていますが、手のひらツールを使用後に点を打ち忘れると全体が塗りつぶされることが多々あり、結構なストレスになっています。
上記のような症状に対する原因に心当たりがありましたら、ぜひお知らせください。
どうぞよろしくお願いします。
以下の点につきましてお知らせ頂けますでしょうか。
・[ファイル]メニュー→[新規]を選択し、表示される画面の[作品の用途]で
[イラスト]を選択し、プリセットで[800×600(72dpi)]を選択して[OK]ボタン
を押して新規キャンバスを作成し、そちらにペンツールのGペンで大きく
きちんと閉じた丸を書いて頂き、塗りつぶしツールで円の内側を塗りつぶして
いただく際も同様に７～８回に１度くらいは狙った通りに塗りつぶせるが、
ほとんどはキャンバス全体が塗りつぶされる状態かご確認下さい。
・キャンバス全体が塗りつぶされてしまった際、Ctrl+Zで塗りつぶし前に戻り、
キャンバス上の全く同じ個所をクリックするという操作で確認して頂いた際にも
同様に７～８回に１度くらいは狙った通りに塗りつぶせるが、ほとんどは
キャンバス全体が塗りつぶされる状態かご確認下さい。
・塗りつぶしを行う際ですが、ショートカットキーをご使用でしょうか。
[ツール]パレットで[塗りつぶし]のアイコンをクリックし、[サブツール]
パレットで[他レイヤーを参照]をクリックしてから、キャンバスの塗りぶしたい
箇所をクリックするという操作でしょうか。
よろしくお願いいたします。