ご不便をおかけし申し訳ございません。
CLIP STUDIO PAINTで新規のペンを作成したり、削除した場合、
CLIP STUDIO PAINTの終了時にその情報が保存され、次回の起動時にも
それが反映されているのが通常です。
そのため、CLIP STUDIO PAINTの終了時に設定が正常に保存されていない
可能性も考えられますが、だいぶ前に消したはずのペンが復活
しているという状態ですので、もしかしたら最新バージョンでペンを作成後、
旧バージョンの方を起動している可能性もあるかもしれません。
※CLIP STUDIO PAINT1.5.0以降のバージョンは、1.4.3以前とは
別アプリとしてインストールされます。
恐れ入りますが、CLIP STUDIO PAINTの[ヘルプ]メニュー→
[バージョン情報]を選択し、どのバージョンを使用しているか
ご確認いただけますでしょうか。
ペン設定を作ってCLIP STUDIO PAINTを終了し、CLIP STUDIO PAINTを
再起動してから再度バージョンを確認し、バージョンが同一である場合、
サブツールパレットに作成したペンがあるかどうかご確認ください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。