ツールプロパティパレットのグラデーションプレビューの部分をダブルクリックして
[グラデーションの編集]ウィンドウを出し、描画色側のノードを選択した状態で、
[色]欄の項目が[メイン描画色]になっているかどうかご確認ください。
もし指定色になっている場合は、その色で常に描画されますので、メイン描画色にご変更ください。
また、[描画色から透明色]だと、完全に透明になるのはグラデーションのストローク
終了地点となるので、網点トーンにした場合もギリギリまで細かい点が表示されると
思われます。
透明領域を増やしたい場合は透明色のノードの位置を変えるなどしてご対応ください。
すべてのツールは、自分で設定した内容を初期設定に登録可能です。
ツールプロパティパレット左上のメニューアイコンから、[初期設定に登録]を
ご選択ください。