お使い頂いているCLIP STUDIO PAINTのグレードはEXで、
PDF入出力プラグインをお使いいただいているご状況ということでよろしいでしょうか。
お手数ですが、以下についてご確認とお知らせをいただけますでしょうか。
1.作品を開いて別名で保存し、その別名で保存したものを
CLIP STUDIO PAINTで開き、PDF出力できるかご確認ください。
2.製本3Dプレビューでも同じ表示が出るとのことですが、
画像一枚目のエラーメッセージと全く同じものになりますでしょうか。
もし違う箇所があしましたらそのメッセージ全文をお知らせください。