本来ファイルそのものはエクスプローラ上、つまりOSの操作をすることで
削除や移動などがされるようになっております。
そのため、大変恐れ入りますが、なぜCLIP STUDIO PAINT関連のデータだけ
消えてしまったのか、現状ですと原因が不明です。
ただ、もしCLIP STUDIO PAINTから直接USBフラッシュメモリに保存を行っている場合、
今後は内蔵HDDに保存するようにして、ファイルを閉じてからUSBへのコピーを
行っていただけますでしょうか。
直接外部デバイスに保存をすると、転送速度などの関係で保存が
不完全になるケースがあります。
また、普段CLIP STUDIOの[作品一覧]でファイルに対して何か操作を
行うことがあったかどうかも併せてご確認ください。
なお、CLIP STUDIO PAINTは上書き保存時にバックアップを取るように
なっております。
こちらのページを参考に、消えてしまったデータが残っていないかどうか
ご確認をお願いいたします。