CLIP STUDIO PAINTから出力できるレイヤーを保持した形式として、
PSD形式がございます。
CLIP STUDIO PAINTの[ファイル]メニュー→[複製を保存]から
[.psd(Photoshopドキュメント)]を選択すれば、レイヤーを維持した
PSD形式での出力が出来ます。
PSDファイルを読み込めるソフトウェアでしたら、この方法で
CLIP STUDIO PAINTで作ったファイルの作業が可能です。
※一部レイヤーの形式によっては、互換性の関係上ラスタライズ等
される場合がございます。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。