ご要望を投稿いただき、ありがとうございます。
・②、③について
②について、下地混色の[にじみ]が有効なブラシの場合ですと、ご記載のような挙動になります。
[にじみ]は一部のピクセルのみ参照せずに広範囲から色を引っ張るため、
参照レイヤーの線があった場合もその先の色を参照するようになっています。
下地混色の設定で[色混ぜ]の方を選択すれば、参照レイヤーの線の先の色は
引っ張りません。
③については、②と同じような理由ですが、動作速度の関係上、選択範囲が
作られている場合でも、下地混色の参照対象については範囲外の色も対象と
なるようにしております。
そのため、下地混色が有効な[色混ぜ]ツールを使った際に、ご申告のような
挙動となります。
上記については、今後の課題として調査・研究に努めさせていただきます。
・④について
ブラシの[硬さ]が低い場合はボケ足が付くため、ブラシ径の外側までボケ足が拡張されます。
※エアブラシの[柔らか]等で同じ場所を何度もクリックして塗った場合の動作と同様です。
他のグラフィックソフトなどと近い挙動とさせていただいておりますが、
こちらもご意見については今後の参考といたします。