カラーパレット等の別のパレットが、ツールパレットの上に重なって表示
されている状態でしょうか。
その場合、パレットが分離されてフローティング状態になっていると
思われますので、[ウィンドウ]メニュー→[ワークスペース]→[基本レイアウトに戻す]を
選択して、パレット配置を初期状態にしてみてください。
改善されないという場合、こちらでも状況を把握するために、
画面のスクリーンショットを添付ください。
また、お使いのOSの種類と、CLIP STUDIO PAINTのバージョンを
お知らせください。
お手数ですが、よろしくお願いします。