私はスレッドを立てた方とは違いますが、同じ症状に悩んでいます。
以下、私の場合の症状です。
clipstudio起動直後および、クリックでてのひらツールを選択直後には、てのひらショートカットキーが反応します。
しかしすぐにてのひらショートカットキーは反応しなくなります。
てのひらツール以外のショートカットキーは問題なく動作します。
clipstudio以外のソフト（例えばChrome）でてのひらツールを割り当てているキー（私の場合、スペースキー）を押すと、問題なくそのキーの文字（半角or全角スペース）が入力されます。
タブレットドライバ及びclipstudioを再起動しても状況は変わりません。
対応法がありましたらご教示くださいませ。
また不具合でしたら改善をお願いいたします。
■バージョン：1.6.3
※Windowsは、[ヘルプ]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
※MacOSXは、[CLIP STUDIO PAINT]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
■グレード：EX
■OS：MacOS X 10.10
・タブレットドライバのバージョン：Cintiq8.79.45
※Windowsは、[ヘルプ]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
※MacOSXは、[CLIP STUDIO PAINT]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
■グレード：EX
■OS：MacOS X 10.10
・タブレットドライバのバージョン：Cintiq8.79.45
・ご使用のセキュリティソフト名とバージョン：無し
・現象の発生している状態で画面全体のスクリーンショット：
こちらでも詳細な状況を確認させていただければと思いますので、
お手数ですが、以下の情報をお送りいただけますでしょうか。
・インストールいただいているタブレットドライバのバージョン：
・ご使用のセキュリティソフト名とバージョン：
・現象の発生している状態で画面全体のスクリーンショットを
撮影いただき、掲載をお願いいたします。
■スクリーンショットの取得手順
１．[Command]＋[Shift]＋[3]キーを同時に押します。
（この場合、テンキーの[3]キーではなく、文字キーの[3]キーを使います。）
２．デスクトップに「スクリーンショット 年 月 日 時刻」の
ファイル名のPNGファイルが作成されます。
よろしくお願いいたします。