恐れ入りますが、現状、
[アニメーション書き出し]>[連番画像]から
書き出しを行うと選択範囲での書き出しができない為、
予め[編集]メニューにございます[キャンバスサイズを変更]で
余白となる箇所をカットしておく必要がございます。
[アニメーション書き出し]を使用せず
書き出ししたいレイヤーを一つずつ選択して
[画像を統合して書き出し]を行う場合は
選択範囲での書き出しが可能です。
[アニメーション書き出し]時に選択範囲での書き出しをすることについては
ご要望として承り今後の開発にて対応を検討してまいります。