私が確認しただけでも、CLIPSTUDIOPAINTにあらかじめ入っている「サッカーボール：ID未定」「デジタルカメラ：1680678」「デジタル一眼レフカメラ：1680687」「バケツ：ID未定」でもこの現象が起こりましたし、私が3D素材としてUPしたVer1.6対応版のメガネや帽子でも（全てで確認はしていませんがいくつかやってみましたが）全て同じ結果でした。
繰り返しになりますが、CLIPSTUDIOPAINTVer1.6.2では、Modeler上で「オブジェクトのレイアウトの保存」をすることでCLIPSTUDIOPAINT上での3Dの上下移動が起こらなくできました。（Ver1.6.0では起こっていた）
最初は私が作った3Dモデルだけの問題かと思っていましたが、公式素材でも同じことが起こるということがわかりました。
ワールド座標とローカル座標の基点の切り替えの問題かと思いましたが、専門家ではないので詳しくはわかりません。
ご指定の通り、clipファイルを送信しましたので確認をお願いします。
こちらでも詳細な状況を確認させていただければと思いますので、
現象の発生している3D素材のタイトルとコンテンツIDをお知らせ
いただけますでしょうか。
また、お手数ですが、オブジェクトスケールを変更後、現象が
発生している状態でclipファイルを保存いただき、GigaFile便
サービスで該当ファイルのアップロードをお願いいたします。
■GigaFile(ギガファイル)便
以下の手順でアップロードを行って下さい。
１．[ファイル選択]ボタンを押し、アップロードするファイルを選択します。
２．ファイルのアップロードが完了すると、ダウンロードURLが表示されます。
３．[メモ(メールに転記されます)]欄に「要望・不具合ボード：89809」、
CLIPに登録されているメールアドレス、ハンドルネームをご記入下さい。
４．[このアップロード情報(ファイル名,URL,削除KEY,メモ)をメールに送信する]欄に
『tech@celsys.co.jp』と入力し、[送信]ボタンを押します。
５．セルシスユーザーサポート宛てにダウンロードURLを記載した
メールが送信されます。
お送りいただいたデータは不出管理を行い、データ検証など完了次第、
速やかにローカル及びサーバー上からも削除いたします。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。