何らかの理由で、編集中の「子」ファイルと、ファイルオブジェクトで読み込まれた「子」が
同一ファイルと認識できていない可能性が考えられます。
現象が発生している際の以下の情報をいただけませんでしょうか。
・「子」ファイルをエクスプローラーからコンテキストメニュー>プロパティ>全般の
[ファイル名]と[場所]のテキスト(コピー&ペーストで貼り付けてください)。
・「親」ファイルをエクスプローラーからコンテキストメニュー>プロパティ>全般の
[ファイル名]と[場所]のテキスト(コピー&ペーストで貼り付けてください)。
未保存の場合は、未保存とお知らせください。
・「子」ファイルのファイルオブジェクトレイヤーを選択し、オブジェクトツールを選択した状態の
ツールプロパティの[ファイル名]と[パス]が確認できるスクリーンショットをお送りいただけませんでしょうか。
パスが長い場合はツールチップが表示された状態のスクリーンショットでも構いません。
・「親」「子」それぞれのファイルの保存先(フルパス)。(例:内部HDD、USB、ネットワークドライブ等含めお知らせください)
できましたらファイルパスは、伏字なしでお知らせいただけますと幸いです。
難しい場合は一部だけでもお知らせいただけますようお願いいたします。
また、「変更がコンフリクトしたというような意味(正確な文言は忘れました)の警告ダイアログ」
は、下記の文言になりますでしょうか。

宛先:tech@celsys.co.jp
件名に、【要望・不具合ボード:92131】とご記載ください。
お手数ではございますが、ご確認頂けますようお願いいたします。



ご申告の現象について確認を行なっておりますが、
現状こちらでは現象を再現することが出来ません
でした。
お申し出の点については、引き続き調査させて頂き、
現象が確認出来た場合には、今後の開発にて対応
を検討させていただきます。
よろしくお願いいたします。