ご不便をおかけし申し訳ございません。
自作の素材で残っているものもある状況ですので、おそらく、
フォルダ分けの情報のみがクリアされていると思われます。
以下の手順で素材のフォルダ構成が元に戻るかどうかご確認
いただけますでしょうか。
1.[ファイル]メニュー→[CLIP STUDIOを起動]からCLIP STUDIOを起動します。
2.CLIP STUDIO PAINTの方は終了しておきます。
3.CLIP STUDIOの右上の歯車のアイコンから[メンテナンスメニュー]→
[素材データベースの再構築]を実行します。
4.データベースの再構築が完了したら、今度は右上の歯車のアイコンから
[メンテナンスメニュー]→[素材フォルダの再構築]を実行します。
5.フォルダ分けが元に戻るかどうかご確認ください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。