[3Dキャラクター]素材や[3Dオブジェクト]素材は、CLIP STUDIO PAINTに
貼り付けた際に、地面に落ちる影が生成されます。
ブネ様が添付された画像で床が黒くなっているのは、床の形状通りの
形の影が表示されているためと思われます。
ポリゴンのY軸の位置が完全に0の場合、影と床のポリゴンが
同一位置になり、光源の方向にかかわらず床が影で黒く
表示される状態です。
床付きの3D素材を作る場合、CLIP STUDIO MODELERでの
新規作成時に、[3D背景]の方で作成いただくと、地面に影が
落ちませんので、床面はライティングに応じて白くなります。
また、すでにお試しいただいていますが、光源の[影]のチェックを
外せば、床に落ちる影のみを非表示にでき、光源からの陰影のみ
残した状態にできます。