通常ですと、iOS版のCLIP STUDIO PAINTでもレイヤーの削除を実行した際
「選択中のレイヤーを削除します。よろしいですか？」という
メッセージが表示されますが、こちらが表示されていないご状況でしょうか。
その場合には、以下の手順にて初期化起動を行い
上記のメッセージが表示されるかご確認ください。
１.ホームボタンを二回押下し、
マルチタスク画面からCLIP STUDIO PAINTを
上へスワイプして終了させます。
２.iPadの[設定]を開きます。
３.画面左の項目一覧を下へスクロールしていただき
[Clip Studio]を開きます。
４.[初期化起動]をオンにします。
５.CLIP STUDIO PAINTを起動すると[初期化起動]という
ダイアログが表示されますので、[メッセージの再表示]に
チェックを入れて[OK]を押下してください。
６.実際にレイヤーを削除して、確認のメッセージが
表示されるかご確認ください。
※[初期化起動]ダイアログではツールの設定等の初期化されてしまう
おそれがありますので、必ず[メッセージの再表示]のみに
チェックを入れた状態を確認して初期化起動を実行してください。
よろしくお願いいたします。