その後、他の不具合も見られましたので起動ディスクを交換いたしました。
OS再インストール→データ移行（不具合のあった起動ディスクより移行アシスタントにて全データ移行）→全フォントのアクティベート解除→再度アクティベートし直す→クリスタ立ち上げ（フォントはヒラギノのまま）→サブツール設定の「全設定を初期設定に戻す」で元のフォントに戻して保存→終了・再起動
・お使いのセキュリティソフト名、バージョン：なし（OS標準）
・初期収録されているデフォルトの[テキスト]ツールのフォントを変更
いただき、[CLIP STUDIO PAINT]メニューからCLIP STUDIO PAINTを終了
していただき、再起動した際、[テキスト]ツールのフォントの変更が
維持されているかお試しください。
・掲載いただいたスクリーンショットは[サブツール詳細]パレットのみ
でしたので、[サブツール]パレットで[基本白ふち]ツールを選択した
状態のモニター画面全体のスクリーンショットを撮影いただき、ご掲載
ください。
・現在も旧PCが起動出来る場合、CLIP STUDIO PAINTを起動していただき、
[基本白ふち]ツールの設定が維持されているかどうかご確認ください。
で、今はとりあえず設定が保持されておりますので、一旦、自己解決とさせていただきます。
ただ、前の起動ディスクでも当初は正常に保存されていたフォントが途中から保存できなくなったため、
しばらく使ってみて同じトラブルが起こりましたら再度ご相談させていただきたく存じます。
（新環境ではフォント管理にSuitecaseではなくRightFontを使用しているため、相性の問題も原因の一つとして、考えられます。しばらくこのまま使ってみますが…）
ちなみにログとして今後のために回答しておきます。
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・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョン：1.7.3
・お使いのセキュリティソフト名、バージョン：なし（OS標準）
・初期収録されているデフォルトの[テキスト]ツールのフォントを変更
いただき、[CLIP STUDIO PAINT]メニューからCLIP STUDIO PAINTを終了
していただき、再起動した際、[テキスト]ツールのフォントの変更が
維持されているかお試しください。
→起動ディスク変更後は維持
・掲載いただいたスクリーンショットは[サブツール詳細]パレットのみ
でしたので、[サブツール]パレットで[基本白ふち]ツールを選択した
状態のモニター画面全体のスクリーンショットを撮影いただき、ご掲載
ください。
→書体のみ初期設定に戻したものがこちらです。（フォント以外の設定は元々問題なく継承されておりました）
・現在も旧PCが起動出来る場合、CLIP STUDIO PAINTを起動していただき、
[基本白ふち]ツールの設定が維持されているかどうかご確認ください。
→起動可能です。維持されています。が、こちらはクリスタのバージョンが1.6.7（OS10.9.5）なので同様ではありません。
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以上、ご回答ありがとうございました。
こちらでも詳しい状況を確認させていただくため、以下の点について
お知らせいただけますでしょうか。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョン：
※MacOSXは、[CLIP STUDIO PAINT]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
・お使いのセキュリティソフト名、バージョン：
・初期収録されているデフォルトの[テキスト]ツールのフォントを変更
いただき、[CLIP STUDIO PAINT]メニューからCLIP STUDIO PAINTを終了
していただき、再起動した際、[テキスト]ツールのフォントの変更が
維持されているかお試しください。
・掲載いただいたスクリーンショットは[サブツール詳細]パレットのみ
でしたので、[サブツール]パレットで[基本白ふち]ツールを選択した
状態のモニター画面全体のスクリーンショットを撮影いただき、ご掲載
ください。
※ログインユーザー名などの差し障りがある点は、予めマスクした上で
ご掲載ください。
・現在も旧PCが起動出来る場合、CLIP STUDIO PAINTを起動していただき、
[基本白ふち]ツールの設定が維持されているかどうかご確認ください。
ご確認の程、よろしくお願いいたします。