ショートカットを削除してもクリスタ本体が消える訳ではありません。
クリスタ本体は特にインストール先を変えたりしていなければ、
system(C;)/Program File/
のなかにあると思いますが。
CLIP STUDIO 1.x というファイルがありませんか?
それがCLIP STUDIO(CLIP STUDIO PAINTではなく)本体です。
そのファイルを右クリックして「送る」>「デスクトップ(ショートカットを作成)」で
デスクトップに再びショートカットができると思うんですが。
素材のアンインストールをしたら、これまでDLして使っていた素材が消えてしまうので
しないでください。