トーンは、拡大縮小したり、原稿と異なる解像度で出力したりするとモアレになりやすくなってしまいます。
質問者さんはB4（幅25.4cm）の原稿（おそらく600dpi？）を1000PX（600dpiの場合およそ4.2cm）
に縮小されているので、それではトーンは完全に潰れてしまうと思います。
（ちなみに600dpiでA4の幅（21cm）にしたい場合、ピクセル換算すると約4960PXです）
現状では、家庭用のA4用紙までのプリンターなどで、それよりも大きいサイズの原稿を縮小しないで等倍(100%）で印刷することはできません。ですので私も下記のように要望を出しているところです。
【要望】印刷範囲指定をできるようにして欲しい
https://www.clip-studio.com/clip_site/support/request/detail/svc/54/tid/97205
もしこの機能が実装されれば、プリンターの用紙サイズにかかわらずファイルの一部だけを100%で印刷できるので、トーンの仕上がりをチェックすることも簡単になるのですが…
現状でできることは、コンビニプリントを利用してA3用紙で印刷するか、上記要望の中に書いてある二つの方法
（等倍でファイルを書きだして、印刷範囲指定のできる別のアプリに貼り付けて分割するか、
クリスタからですとA4以下で選択範囲を作って一旦キャンバスをカットして出力し、元に戻す）
しかないと思います。
ご参考までに