同じことが何度か別の日に起き、ご要望をお送りした日は再起動した上で何度か試して同じことが起きていたのですが、
本日返信をいただいてから参照画面からデスクトップを選んで新しいフォルダーを作成、にするとちゃんとパネルの上にフォルダの参照画面がポップアップするようになり、また、もっと階層の深いフォルダでも同様に参照画面が表側にポップアップするようになりました。
どういう理由で挙動が直ったのかが良くわからないのですが、解決したようですので、こちらで解決済みとさせていただきますね。丁寧なご返信ありがとうございました。
パソコンを再起動していただいた上で、同様の操作をお試しいただき、
再現するかご確認をお願いいたします。
また、フォルダーの参照画面で一番上に表示されている[デスクトップ]を
クリックし、その状態で[新しいフォルダーの作成]を選択した場合にも
同様に現象が発生するかご確認をお願いいたします。
合わせて、ESCキーを押していただく事で[新規]画面の操作可能になるかも
ご確認下さい。
よろしくお願いいたします。