変更したいセットを選択した状態で
オートアクションパレットの左上の小さな「▶≡」メニューから「セットの設定」を開くと変更が可能です。
セットの順番を簡単に変更する機能はまだ搭載されていませんが、手間の掛かる代案ならあります。
セット名変更と同様のメニューから「セットの書き出し」または「セットを素材として登録」で退避させます。
セットをすべて削除して、退避させたファイルを好みの順または逆順で読み込みます。
並び替えは頻繁に行う操作ではないと思うので、改善されるまでの代案として耐えられると思いますが、
如何でしょうか？