ご指摘ありがとうございます。
しかしながら
いろんなソフトで、レイヤーを結合すると不透明度が１００％になるというのが
「スタンダート」であるという返答はなんの問題の解決もなっていないように思われます。
レイヤーに対してクリッピングレイヤーをかぶせるのは、色をを固定する場合が多くあります。
そのクリッピングレイヤーを元のレイヤーと結合した際、
不透明度が１００％になり、かつ画面に表記されているのは元の透明のレイヤーのままの表示となります。
「透明に見える」ではなく「透明」です。
そしてその１００％の数値はそれ以上不透明度を増す事ができないため、
透明状態が直せないままのレイヤーとなります。
これはコピーしても、複製しても、透明状態は全く同じ状態の不透明度１００％のものとなります。
私自身は、この状態を気をつけて作業をすれば回避をできますが、
まずアクションレイヤーで、クリッピングレイヤーを全部結合させるという作業は
危なくてできないということになります。
またクリッピングレイヤーの結合後、違うクリップレイヤーを重ねて作業をするなどした場合、
元のレイヤ＾が不透明度が１００％のまま、透明の状態で作業することになります。
そこに気を使って作業するのが、少し面倒であるため、
他の人も困る点でありながら、放置しているだろう「改善点」としてあげさせていただきました。
これは要望ではありませんので、不具合として発見して、
それを修正する案件として扱っていただければと思います。
＞透明度が１００％になり
レイヤーは透明度ではなく、不透明度で表されます。もし透明度１００％だと、全くなにも映らない状態になってしまうのでは。
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レイヤーの不透明度が、
● 上のレイヤーが５０％、下のレイヤーが１００％
● 上のレイヤーが１００％、下のレイヤーが５０％
● 上のレイヤーが５０％、下のレイヤーが５０％
● 上のレイヤーが１００％、下のレイヤーが１００％
の４つのパターンの場合、上のレイヤーを下のレイヤーに結合すると、全てのパターンで、結合後のレイヤーは常に不透明度１００％と表示されます。
但し全てのパターンで、見た目はレイヤーを結合する前と基本的には変わりません(結合前のレイヤーの合成モードによっては、著しく変化する場合があります）。
私は今までCLIP STUDIO PAINT、Photoshop、SAIをはじめ、結構な数の有償無償の2D・CGソフトを使ってきましたが、少なくともそれらは、みな同じ挙動を示したと記憶しています。
つまりそれが”スタンダード”という事なのではないでしょうか。