なので、ダウンロードした素材の分や対象外の設定の分だけ減っているんだと思います。
・対象データについて
https://www.clip-studio.com/clip_site/apps/clipstudio/cloud_guide#04
元のパソコンも開ける状態なのであれば、フォルダをそのままコピペすると設定や素材がそのまま移行できるのでおすすめです。
・別のPCへ設定ファイルや素材データを移行したい【オフライン環境で設定フォルダのコピーによる移行】
https://www.clip-studio.com/clip_site/support/faq/detail/svc/52/tid/92049