本件、お時間をいただいており申し訳ございません。
CLIP STUDIO MODELERにおいては、複雑な編集処理が可能になるように、
ComicStudio等とは異なる読み込み処理をしております。
このとき、objの形状をModelerで編集できるような状態にするために変換がかかり、
ご申告のような状態になる場合があります。
恐れ入りますが、現状こちらは回避することができませんので、
今後の開発にて対応を検討させていただきます。
なお、もしご自身で制作したデータの場合、制作した3Dソフトに再度読み込み、
objでの出力時に表面だけ出力する設定にすることで回避できる場合も
ありますので、よろしければご確認ください。
こちらでも確認を行い、改めてご連絡いたします。
よろしくお願いいたします。