現状の対応方法としては、
■MODELLER上でリネームする
■FBXファイル形式で保存後にMODELLERで読み込む
という2つの方法があるかと思います。
現時点（2017年1月3日）では、私個人としてはFBXファイル形式で保存後に、MODELLER（3Dオブジェクトを作成）で読み込む、という方法がオススメです。（今後のバージョンアップによって変わることもあるため）
・FBX形式であれば「リネーム不要」です。
・「階層構造もそのまま維持」されているので、MODELLER上で階層構造を作り直す必要もありません。
・スムージング（曲面、カーブや、有機物表現によく使われる）、非スムージング（機械、ロボット、無機物など、角をキッチリ出したい時によく使われる）の表現がそのまま反映されます。LWO、OBJ、ファイル形式では常にスムージングがONで読み込まれていますので、キッチリした角を表現しようと思うと、面をもっと多く割らなければならなくなります。
【メタセコ4 32bit版】 左：スムージングON 右：スムージングOFF
【CLIP STUDIO MODELLER Ver1.6.3】 メタセコ4から「名前を付けて保存」、FBXファイル形式でエクスポート（保存）したファイルをMODELLERで開いた状態
すでにご存知であったり、私の書き込みで不愉快に思われた場合は申し訳ありません。
何か間違った点などがあれば、指摘して頂けるとありがたいと思います。
この書き込みが、誰かしらの今後の創作活動にとって、少しでも有益な情報になれば幸いです。