私は商業誌ではないのでその辺りは判りませんが・・・。一部判る範囲でご連絡します。
・ネームやペン入れまでアナログの場合は、連続スキャンが出来ないので面倒です（１枚ずつスキャンはＰＲＯでも出来ます）
・ノンブルを自動でつけられない（商業誌のみなら関係ないですが）
・見開きが描けないので１枚づつになります
・３Ｄを利用した描画に制限がある（現状他ソフトで３Ｄを利用してるならその辺りは他ソフトで利用する事になります）
・マルチモニタや大きいモニタなら管理画面でページ一連の流れを見ながら、描く事が出来る（けどＯＳのフォルダでファイルアイコンを大きくして見ても流れ位は判りますからね…）
・管理画面でページを簡単に削除したり追加したり入れ替えられる（ネームを紙で描く人はいいけど、デジタル上だとページのやりくりが大変です）
私が思いつくのはこれくらいでしょうか…３Ｄ描画以外は、描画に関してはＰＲＯで問題ないかなと感じます。
まだＥＸの便利機能が出揃ってないのですし、３Ｄ関連をあまり使わない・ＥＸを購入する気があるがとりあえずＰＲＯで…というのであれば、今買ってもあまり不自由はされないと思います。私はＥＸですけど友人はＰＲＯで遜色なく利用しています。
（トーンの種類はＥＸもＰＲＯも変わらないです）
複数ページ管理、複数ページ書き出しという点以外では、レイヤーのLT変換、
プラグインの機能がございますが、コマの作成、トーン貼り付け等、単ページの
漫画作成に関してはPROで行っていただく事ができます。
グレードでの機能差については以下のページにてまとめさせていただいて
おりますので、ご確認いただければと思います。
■機能一覧・比較
また、以下のページにてマンガやイラストの作成について流れでご案内を
させていただいておりますのでよろしければご確認下さい。
■はじめてのCLIP STUDIO PAINT
なお、PRO、EX問わず、作成頂いた作品を商用利用して頂く事に問題は
ございません。
よろしくお願いいたします。