レイヤー外への適用を期待している質問ではありません。
つまり、２値化色調補正レイヤーはフォルダ内での適用はできないということでよろしいでしょうか。
では要望です。２値化色調補正レイヤーを「透明」に対しても適用するようにできませんか？
画像上「不透明度が100以外の黒」と「不透明度100％のグレー」を判定して
不透明度を含む場合は透明ピクセルと分離、不透明度100％グレーの場合は白ピクセルと
分離、ということにはできないでしょうか。
例えば
１：スキャンしたペン入れ画像の線画だけを抽出したものをＡのフォルダにいれて独自に設定した閾値で２値化。
２：クリスタのペンで描画する画像をＢのフォルダに入れて独自に設定した閾値で２値化。
という２段階での２値化の設定を行えれば、マンガを描画する場合にもアンチエイリアスをでき、とても気持ち良く描画できます。
上記の様な基準での２値化にしてください。
レイヤーフォルダの合成モードが[通常]になっている場合には、レイヤーフォルダ内の
色調補正レイヤーはフォルダ内のレイヤーのみに適用されます。
こちらはフォルダの合成モードを[通過]に変更していただくことで、フォルダ外の
レイヤーにも色調補正レイヤーの効果が適用されるようになりますので、お試しください。
■合成モードを設定する
また、2値化の動作、用紙レイヤーが非表示の場合に色調補正レイヤーの[2値化]が
適用されないとの件につきましては、下記のスレッドにて回答させていただきましたので、
併せてご確認いただければ幸いです。
■２値化フィルター/レイヤーの挙動について
よろしくお願いいたします。